We gebruiken de microscoop in hoofdzaak voor uitwendig waarneembare problemen.
Gezwellen: er bestaan verschillende type bolletjes in of net onder de huid dewelke mede dankzij de microscoop kunnen onderverdeeld worden in infecties – cysten – bloeduitstortingen of tumorale gezwellen.
Huid- of oorinfecties: we kunnen nagaan welk type infectie (ronde of staafkernige bacterie, gist, schimmel) op de huid of in het oor aan de gang waardoor er een meer gerichte behandeling kan opgestart worden.
Parasieten: een aantal uitwendige parasieten zoals vlooien, luizen, rode vogelmijten en oormijt kunnen met het blote oog gezien worden, andere (schilfermijt, schurft, demodex) zijn zodanig klein dat we ze enkel onder de microscoop kunnen ontdekken
Soms worden er puncties (aanprikken met een naald via echobegeleiding) of biopties (kleine stukjes weefsel bekomen na chirurgie) genomen van inwendige organen. Omwille van de complexiteit worden zulke stalen naar een specialist gestuurd om tot een correcte diagnose te bekomen.